Учёные из Канады подключили сити-фермеров к участию в исследовательском проекте, направленном на изучение микробиома в гидропонных фермах, передаёт HortiDaily. Исследования, как предполагается, дадут полное представление о полезных и вредных комбинациях микроорганизмов, которые встречаются в питательных растворах, фильтратах и корнях растений.
Биотехнологическая компания Metagenom Bio Life Science, чей офис находится в городе Ватерлоо (канадская провинция Онтарио), с сентября прошлого года возглавляет проект «Здоровая гидропоника» при поддержке Минсельхоза Канады. Суть проекта заключается в расшифровке ДНК базового микробного сообщества, патогенов растений и пищевых болезнетворных микроорганизмов, которые встречаются в гидропонных системах, а точнее — в используемых питательных растворах, фильтратах и корнях растений.
«Насколько нам известно, это первый проект по гидропонному микробиому на нескольких гидропонных фермах с различными культурами», — говорит доктор Тревор Чарльз, главный научный сотрудник проекта и профессор биологии в Университете Ватерлоо.
Доктор Чарльз вместе со своими коллегами научил владельцев 12-и частных ферм, которые согласились принять участие в исследовательском проекте, самостоятельно брать пробы с растворов, фильтратов и корней. В дальнейшем эти образцы попадают в лабораторию.
«Мы бы с удовольствием посетили местных производителей, чтобы увидеть их фермы и наладить контакт, но мы решили, что из-за пандемии производителям будет удобнее самим отправлять нам образцы. Мы действительно благодарны им за участие и помощь, особенно в такие трудные времена», — объясняет Чарльз. Его напарница добавляет, что для каждой фермы разработан индивидуальный план отбора проб, который учитывает используемое оборудование и цикл роста выращиваемых культур.
В лаборатории образцы проходят процедуру секвенирования (расшифровки) ДНК, и выявленные микроорганизмы вносятся в различные базы данных.
«Мы используем запатентованный набор для выделения ДНК и технологию секвенирования ДНК нового поколения», — уточняет лаборант Цзюцзюнь Чэн, который обрабатывает образцы.
Помимо идентификации микроорганизмов учёные собирают и другие данные, чтобы связать тенденции присутствия и численности микроорганизмов с условиями окружающей среды и используемых культур.
«Одна из проблем заключается в определении того, какие комбинации видов являются особенно проблематичными, но большой объем данных, который мы генерируем, и данные об окружающей среде, которые мы получаем от производителей, помогают нам решить эту проблему», — отмечает Майкл Линч, специалист по биоаналитике.
К настоящему моменту компания уже обработала 331 образец с ферм и выпустила несколько отчётов, которые дают обширные знания о том, с какими микроорганизмами сталкиваются сити-фермеры.
«Конечная цель проекта состоит в том, чтобы предоставить производителям информацию, необходимую им для обеспечения эффективной работы и отсутствия болезнетворных организмов, которые могут нанести вред производству и безопасности пищевых продуктов, одновременно способствуя развитию здорового микробиома в системе», — подытожил доктор Чарльз.